Struktur Organisasi :

  1. Badan Wakaf
    1. Pimpinan Pondok.
      1. UNIDA.
        • Mahasiswa.
      2. KMI.
        • Santri.
      3. Pengasuhan Santri.
        1. OPPM
          • Santri
        2. Pramuka
          • Santri
      4. DEMA
        • Mahasiswa
    2. YPPWPM
    3. IKPM
      • ALumni
    4. PLMPM
    5. Pondok Cabang

Ketrangan :

UNIDA : Universitas Darussalam Gontor DEMA : Dewan Mahasiswa YPPWMP : Yayasan Pemeliharaan dan Perluasan Wakaf Pondok Modern KMI : Kulliyatu-L-Mu'alimin Al-Islamiyah IKPM : Ikatan Keluarga Pondok Modern OPPM : Organisasi Pelajar Pondok Modern

pemangku amanah saat ini.